Après des études de piano, Pierre-Henri Jondot commence l'apprentissage de l'orgue à Orléans, puis continue au CNR de Boulogne-Billancourt (désormais CRR) dans la classe d'André Isoir, dans laquelle il obtient le premier prix en 1994. Egalement claveciniste, il obtient ensuite la médaille d'or du CNR de Bordeaux en clavecin et musique de chambre baroque (classe de Martine Chappuis), puis le prix de perfectionnement en orgue (classe de François Espinasse), et en clavecin (classe de Martine Chappuis).
Périgourdin depuis 2021, il est très attaché à l'orgue de la Cité dont il a, avec Henri Aristizabal, la responsabilité.
